Gestion des espèces envahissantes exotiques
Projet : Vers une meilleure gestion des EEE grâce à l’outil ADN environnemental.
Dates du projet : Mai 2023 – septembre 2024
Coordinateur : Dr. Eva Bellemain / Dr. Maxime Louzon
Partenaires : GRENOBLE ALPES METROPOLE – ARGALY – CRISALID
La lutte contre les espèces exotiques envahissantes, notamment végétales, est prépondérante dans la gestion des espaces naturels de la Métropole dans un souci de préservation de la biodiversité. Dans une démarche prospective et d’innovation, ils peuvent constituer des sites pilotes pour des expérimentations scientifiques et techniques, à l’instar de la plantation concurrentielle de Renouée sur le parc de l’Ile d’Amour en 2020.
La mise en place d’une méthodologie s’appuyant sur l’ADN environnemental (ADNe) pourrait permettre à la Métropole de continuer dans une dynamique avant-gardiste dans la lutte contre les espèces envahissantes exotiques (EEE). De plus, les résultats des suivis scientifiques, corrélés aux actions de lutte, peuvent constituer un facteur de motivation et de mobilisation des agents pour continuer les actions menées. La Métropole souhaite s’appuyer sur une méthodologie innovante de diagnostic de la présence d’espèces exotiques envahissantes végétales dans les sols pour améliorer la planification des actions territoriales de management paysagers des invasions.
L’ADN environnemental (ADNe) est l’ensemble des ADN (extracellulaires et intracellulaires) que l’on peut retrouver dans un échantillon de l’environnement (sol, eau, sédiment, etc.). En étudiant certains fragments de l’ADNe, il est possible d’identifier et de lister les organismes qui ont laissé leur ADN dans l’environnement et donc de faire des inventaires de biodiversité ou de détecter des espèces d’intérêt. Sur le sol par exemple, il est possible d’obtenir grâce à cette méthode des informations précieuses sur un large spectre de groupes d’espèces allant des bactéries aux plantes, en passant par les champignons, les vers de terre, etc. Le metabarcoding ADNe repose sur une extraction des ADN issus d’échantillons de sol puis leur amplification, et leur séquençage. Sont alors obtenues des séquences qui sont ensuite comparées à une base de données pour déterminer les espèces présentes dans l’échantillon (plantes, vers de terre, champignons etc.). Cette méthode permet donc de réaliser des inventaires larges et de détecter de nombreuses espèces simultanément.
L’étude a pour objectifs de proposer un plan expérimental basé sur la méthode de metabarcoding ADNe et adapté aux différents espaces naturels, comprenant l’échantillonnage et les analyses au laboratoire des échantillons de sol en vue de détecter les espèces exotiques envahissantes sur des espèces herbacées vivaces dont la partie aérienne disparaît annuellement (hiver). Sur la base des résultats obtenus dans cette étude, un outil d’aide à la décision pourra ainsi être proposé pour prédire la zone de repousse des EEE après gestion par service paysagers.
Deux sessions d’échantillonnage ont été effectuées en mai et octobre 2023, une dernière session aura lieu d’ici le printemps 2024. Les extractions ADN sont effectuées au sein des laboratoires CRISALID, les amplifications metabarcoding des échantillons extraits seront ensuite effectuées au sein des laboratoires Argaly, en utilisant un marqueur permettant de détecter et discriminer spécifiquement les astéracées. Le séquençage des ADN amplifiés sera effectué par un sous-traitant (Fasteris, Suisse) et les résultats de séquençage seront analysés bioinformatiquement par Argaly d’ici l’automne 2024.
Un rapport d’analyse incluant des résultats visuels de la détection des espèces exotiques envahissantes étudiées et un outil d’aide à la décision sera proposé d’ici l’automne 2024.
